Od roku 1991 byla ochrana hranic svěřena Federálnímu policejnímu sboru, v jehož organizační struktuře působila Služba cizinecké a pohraniční policie. Od vzniku samostatné České republiky v roce 1993 převzala ochranu hranic Policie České republiky a její Služba cizinecké a pohraniční policie.
Zásadní zlom v ochraně státních hranic nastává v roce 2007 – Česká republika se stává součástí Schengenského prostoru a v důsledku toho se takřka vytrácí aspekt ochrany státních hranic, Služba cizinecké a pohraniční policie je přetransformována na Službu cizinecké policie. I nadále ovšem zůstává ochrana státních hranic v působnosti Policie České republiky. Ochranou hranic se rozumí soubor opatření organizačního a technického charakteru, jehož cílem je zabránit nedovolenému překračování státních hranic České republiky. Tato opatření se provádějí jednak na hraničních přechodech a jednak mimo hraniční přechody. Mimo hraniční přechody je ochrana hranic prováděna v blízkosti hranic a dále ve vzdálenosti do 10 km od hranic. Platí, že ochranu hranic zajišťuje Policie České republiky soustavně po celé délce hranic.
Ochrana státních hranic České republiky se provádí na základě aktivace tzv. dočasného znovuzavedení ochrany vnitřních hranic podle hlavy IV zákona č. 191/2016 Sb., o ochraně státních hranic České republiky. V případě dočasného zavedení ochrany hranic vláda nebo ministerstvo vnitra opatřením stanoví časový a územní rozsah. Tyto orgány mohou dále stanovit, že státní hranice lze překračovat pouze v místě a v době uvedené v opatření. Takovéto dočasné reaktivace ochrany hranic a hraničních kontrol připadají v úvahu, jestliže to vyžaduje zachování veřejného pořádku a bezpečnosti státu. V tomto případě ochranu hranic aktivuje vláda. V případě bezprostřední vážné hrozby pro veřejný pořádek nebo vnitřní bezpečnost institut aktivuje ministerstvo vnitra.
Při dočasné ochraně hranic se na státní hranici provádí kontrola cestovního dokladu podle ustanovení § 3 odst. 3 věty poslední zákona č. 329/1999 Sb., o cestovních dokladech. Zákon o ochraně státních hranic č. 191/2016 Sb. dále zakotvuje oprávnění policistů za účelem dočasné ochrany hranic. V této věci je policista oprávněn na nejbližším místě od státních hranic zastavit dopravní prostředek a provést jeho prohlídku včetně prohlídky zavazadel. Může provést i prohlídku osoby, ovšem pokud je to třeba ke zjištění skutečností, které jsou důvodem pro odepření vstupu cizinci na území České republiky (podle zákona o pobytu cizinců na území České republiky). V blízkosti hranic (do vzdálenosti 10 km od hranic) má policista oprávnění vstupovat na soukromý pozemek v součinnosti s jeho vlastníkem, je-li to nutné k plnění úkolů ochrany hranic. Policie České republiky je dále při dočasné ochraně hranic oprávněna použít technický prostředek zabraňující nedovolené překračování hranic dopravními prostředky. Zařízení se umisťuje ve vzdálenosti do 50 metrů od hranice. Pokud to vyžadují přírodní, technické nebo bezpečnostní okolnosti, lze zařízení umístit až do vzdálenosti 1 kilometru od hranice.
Spolupráce české a německé policie na státních hranicích na Šumavě